Três meses se passam. Clark, drogado pela Kryptonita vermelha, vive uma vida de magnata em Metropolis, enquanto, em Smallville, todos o procuram desesperadamente. Jonathan faz um trato com Jor-El para poder encontrar Clark, o que lhe trará graves conseqüências.
Lex e Chloe descobrem um passado negro de Lionel Luthor, que faz de tudo para encobrir a verdade, inclusive colocar a vida de seu filho em jogo.
Clark e Lana vão se distanciando cada vez mais por conta de seus poderes, e isso atormenta até mesmo Pete, que resolve ir embora, para não revelar o segredo do amigo a ninguém, numa espetacular demonstração de uma leal amizade.
Uma temporada eletrizante, onde várias aparições especiais dão um ar a mais no seriado. Morgan Edge, Alicia Baker, Perry White e uma pequena alusão à Lois Lane. A tambem a participação de um misterioso personagem chamado Adam Knight , que se aproxima de Lana e ao mesmo tempo esconde um grande segredo. Chloe consegue colocar Lionel na prisão, mas isso trará a ela e a Lex um preço muito alto, um preço mortal.